شرکت هواپیمایی زاگرس در سال 1384 با ثبت در منطقه آزاد اروند و با ورود دو فروند هواپیمای توپولوف فعالیت خود را آغاز کرد و در سال 1386 با ورود دو فروند هواپیمای MD رنگ و بویی دیگر گرفت. اولین پرواز بین المللی زاگرس در سال 1387 با پرواز در مسیر تهران – دمشق انجام شد. این شرکت توانست در مدتی کوتاه، با افزایش تعداد هواپیماهای ناوگان خود نامی شایسته در میان شرکت های مطرح و رو به رشد کشور به دست آورد و سهم به سزایی در حمل و نقل هوایی کشور را عهده دار شود.